A estrutura curricular do Curso de Fonoaudiologia resulta de um extenso processo de discussão, iniciado em maio de 1999 com o Fórum sobre 'Novos Parâmetros Curriculares para a Fonoaudiologia', seguido por reuniões entre professores e representantes de alunos com os departamentos envolvidos. Esse esforço culminou em um currículo que busca integrar as ciências médicas e humanas relacionadas à Fonoaudiologia, adotando uma abordagem pedagógica humanista e generalista. O objetivo é preparar o futuro profissional para a prática ética e social da profissão de fonoaudiólogo.
Essa estrutura curricular proporciona ao estudante conhecimentos técnicos e metodológicos essenciais para atuar na prevenção de agravos e aprimoramento da comunicação humana, além de oferecer uma gama variada de procedimentos de avaliação, diagnóstico e terapia nas grandes áreas da Fonoaudiologia: Linguagem, Motricidade Orofacial, Audiologia e Voz. Essa abordagem contribui para promover a saúde integral do indivíduo.
O Curso de Fonoaudiologia possui uma carga horária total de 3600 horas, com 1125 horas dedicadas ao estágio curricular, realizado no Complexo Hospitalar. O curso oferece uma prática clínica com caráter multidisciplinar, integrando-se a áreas da saúde como otorrinolaringologia, neuropediatria, neurologia, psicologia, ortodontia dentre outras.
A Clínica Escola do Curso de Fonoaudiologia está presente tanto no HUCFF (Hospital Universitário Clementino Fraga Filho) quanto no INDC. Os Ambulatórios de Vestibulometria, Eletrofisiologia da Audição e Audiologia Clínica estão localizados no HUCFF, enquanto os Ambulatórios de Fonoterapia, uma parte do Ambulatório de Audiologia Clínica e o Ambulatório de Prótese Auditiva estão no Campus da Praia Vermelha, no Instituto de Neurologia Deolindo Couto (INDC).
Através das atividades nos ambulatórios de Fonoaudiologia Clínica nas áreas da fala, voz, audição e linguagem, os alunos oferecem esclarecimentos à comunidade, realizam observações, exames, levantamento de dados e histórico clínico e pessoal de uma vasta clientela. Essas atividades servem não apenas como recurso educacional, mas também como fonte de material para pesquisas nas áreas e estudos de áreas afins, possibilitando a integração de projetos de pesquisa.